Des ressources biologiques pour l’annotation fonctionnelle des génomes animaux.

Afin de générer un atlas des éléments fonctionnels pilotant l'expression du génome chez les animaux domestiques, la stratégie FAANG (Functional Annotation of Animal Genome) a consisté à échantillonner de nombreux tissus provenant de quelques animaux d'espèces, de sexes, d'âges et de stades de production différents.

Cet article présente la collection d'échantillons de tissus de quatre espèces produite par deux projets pilotes, à l'INRAE (Institut national de recherche sur l'agriculture, l'alimentation et l'environnement) et à l'Université de Californie, Davis. Il s'agit de trois mammifères (bovin, chèvre et porc) et d'un oiseau (poulet). Il décrit les métadonnées caractérisant ces ensembles de référence

• (1) pour les animaux avec l'origine et l'histoire de la sélection, le statut physiologique et les conditions environnementales ;
• (2) pour les échantillons avec le site de collecte et le traitement des tissus/cellules ;
• (3) pour le contrôle de qualité ; et
• (4) pour le stockage et la distribution ultérieure.

Trois ensembles sont identifiés : l'ensemble 1 comprend les tissus dont le prélèvement peut être standardisé et pour lesquels des aliquotes représentatives peuvent être facilement distribuées (foie, rate, poumon, cœur, dépôt de graisse, peau, muscle et cellules mononucléaires du sang périphérique) ; l'ensemble 2 comprend les tissus nécessitant des protocoles spéciaux en raison de leur hétérogénéité cellulaire (cerveau, tube digestif, organes sécréteurs, gonades et gamètes, appareil reproducteur, tissus immunitaires, cartilage) ; l'ensemble 3 comprend des préparations cellulaires spécifiques (cellules immunitaires, cellules épithéliales trachéales). Des protocoles d'échantillonnage dédiés ont été établis et téléchargés sur https://data.faang.org/protocol/samples. Les spécificités entre les mammifères et le poulet sont décrites lorsque cela est pertinent. Au total, 73 tissus ou sections de tissus différents ont été prélevés, dont 21 sont communs aux quatre espèces.

Le fait de disposer d'un ensemble commun de tissus facilitera le transfert de connaissances au sein d'une même espèce et entre espèces et contribuera à diminuer l'expérimentation animale. La combinaison des données sur les mêmes échantillons facilitera l'intégration des données. Un contrôle de qualité a été effectué sur certains tissus avec une extraction de l'ARN et un contrôle de qualité de l'ARN. Plus de 5 000 échantillons ont été stockés avec des identifiants uniques, et plus de 4 000 ont été téléchargés sur la base de données Biosamples, à condition que des ontologies standard soient disponibles pour décrire l'échantillon. De nombreux tissus ont déjà été utilisés pour mettre en œuvre les tests FAANG, avec des résultats publiés. Tous les échantillons sont disponibles sans restriction pour d'autres essais. La procédure de demande est décrite. Les membres de FAANG sont encouragés à appliquer une série de tests moléculaires pour caractériser l'état fonctionnel des échantillons collectés et à partager leurs résultats, conformément aux principes de données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable).

Contact :

• Michèle Tixier-Boichard